Найти: "(^\[url\].*\[\/url\]\r\n|^\[url\].*\[\/url\]|\r\n)"
Заменить на: ""
(без двойных кавычек в обоих полях)
Далее нажимаем кнопку "Заменить во всех открытых документах", потом "Сохранить все" (на панели инструментов вверху).
Не забываем перед этим сделать резервную копию всех файлов (вдруг у Вас синтаксические ошибки в текстах и этот шаблон не сработает одинаково для всех файлов).
Конечно, я её в Notepad++ составляла на Вашем примере. Может в примере допущены какие-то синтаксические ошибки и у Вас он другой? На самом деле задача по замене достаточно простая.
ExCluziv, скорее всего Вы даете неправильные примеры. Также не мешало бы обновить версию блокнота, может в этом проблема. Сорри, отвечать в этой теме уже нет желания. Весь необходимый рабочий материал для решения задачи я предоставила.